dimanche 3 février 2019

Nombre d'espèces par département

Où trouver l'information concernant le nombre de plantes présentes dans chaque département ?
Voici une question qui en intéressera plus d'un.

Le projet "Chorologie départementale" permet d'apporter des réponses à cette question.

La chorologie c'est l'étude de la répartition des êtres vivants. Ce mot vient du grec χῶρος, khōros, "endroit, espace".

D'abord rendons-nous sur la page "Chorologie départementale" de Tela Botanica :
https://www.tela-botanica.org/chorologie-departementale/

La liste des départements français est accessible, on clique sur celui qui nous intéresse (dans notre cas les Pyrénées-Atlantiques) et la page s'actualise pour afficher la liste des plantes recensées sur le département.


(résultat au 03/02/2019)

On a donc un premier chiffre de 3513 "taxons" sur le département.
Mais qu'est-ce qu'un taxon ? Ce terme est utilisé dans la classification des êtres vivants.
Faisons ici un bref rappel sur le fonctionnement de cette science.

Introduction simplifiée à la taxonomie

les êtres vivants sont classés en espèces (une espèce étant l'ensemble des individus capables de se reproduire entre eux et d'avoir une descendance fertile). Les espèces proches entre elles sont ensuite "rangées" au sein d'un même genre. Les genres proches entre eux sont "rangés" au sein d'une même famille, puis les familles en ordres et les ordres en classes.
La classification c'est donc - en quelques sortes - l'art de "ranger" les êtres vivants dans des boites plus ou moins grandes. "Taxon" c'est donc le mot technique pour parler de ces "boites". Ainsi quand on dit "il y a 3513 taxons de plantes vasculaires dans les Pyrénées-Atlantiques" cela devrait signifier - en première approche - qu'il y a 3513 "boites" différentes pour ranger les espèces de plantes vasculaire dans ce département. Cela devrait donc inclure à priori tous les niveaux hiérarchiques de boites : de l'espèce jusqu'à la classe.
Dans la pratique, cela nous intéresse assez peu de savoir le nombre de boites, la question qui nous préoccupe vraiment c'est "combien d'espèces ?" - ce qu'on peut formuler aussi comme "combien de boites de plus bas niveau ?"

De plus bas niveau ? Ce serait un peu trop simple : en effet les botanistes - qui sont des individus aussi facétieux que rigoureux - ont décidé (pour des raisons pratiques parce que le vivant ne se laisse pas ranger dans des boites si facilement que ça) de créer des "boites intermédiaires" : des "sous-boites" pour chacun des grands types de boite que j'ai cité précédemment :
On a donc (entre autres) : des classes et des sous-classes, des ordres et des sous-ordres, des familles et des sous-familles, des genres (rarement des sous-genres, mais plus souvent des tribus !) et enfin des espèces et des sous-espèces, voire même parfois des variétés (et des sous-variétés : si l'on veut être vicieux, soyons-le jusqu'au bout).
Bref les boites de "plus bas niveau" ne sont donc pas forcément les espèces, mais parfois des sous-espèces, voire des variétés (et des sous-variétés mais cette dernière catégorie est franchement rare et assez peu utilisée).
Tout ça pour expliquer : quand on annonce "3513 taxons" on veut en vérité dire "3513 taxons terminaux", c'est-à-dire, des "boites de plus bas niveau". Et on est obligé de dire "taxon" (c'est-à-dire "boite") et non pas "espèce" car le plus bas niveau n'est pas toujours l'espèce : ça l'est souvent, mais c'est parfois plutôt la sous-espèce, voire la variété.

Et donc comment aller plus loin ?

Rendez-vous sur l'espace projet "Chorologie départementale" de Tela Botanica et de là, sur le porte document :
https://www.tela-botanica.org/projets/chorologie-departementale/porte-documents/
Vous devriez y trouver un fichier excel dont le nom commence par "chorodep..." suivi d'une date. Par exemple : chorodep 24-4-2018.xlsx
Télécharger ce fichier.

capture d'écran de "chorodep"
En ligne on a les taxons. La première colonne indique le rang taxinomique, c'est-à-dire la place de la "boite" dans la hiérarchie : esp = espèce,  hyb = hybride, subsp = sous-espèce, var = variété, f. = forme et écoph. = écophyte (c'est à dire une forme dépendante de l'environnement de la plante).

En colonne on a les 95 départements métropolitains (la Corse est comptée d'un seul coup).

Tout en bas une ligne "zz1 TOTAUX espèces par départements" permet de connaître le nombre d'espèces par département.
Pour les départements concernant le bassin versant de l'Adour on a donc :

Hautes-Pyrénées : 2271 espèces

Gers : 1385 espèces

Landes : 1743 espèces

Pyrénées-Atlantiques : 2457 espèces

Et pour ces quatre départements réunis : 3136 espèces

NB : Ne sont pas incluses dans ce compte toutes les espèces dont la présence serait à confirmer, les douteuses, les signalées par erreur ni les disparues.

Remarque, si on fait la somme de tous les taxons terminaux présents dans chaque département, on obtient des chiffres divergeant quelques peu de ceux donnés par la page "Chorologie" (vue précédemment). Ainsi on a :

Département Fichier excel "Page" chorodep
65 - Htes Pyrénées 3140 3136 (-4)
32 - Gers 1902 2150 (+248)
40 - Landes 2396 2420 (+24)
64 - Pyrénées atl. 3471 3513 (+42)

Il me faudra investiguer plus pour comprendre d'où viennent ces différences. Je suppose qu'il pourrait s'agir de différences de traitements sur les genres complexes (Rubus, Taraxacum, Alchemilla, etc.) ?

Quelques observations

Tiens puisqu'on recense les disparues, jetons un œil sur celles qui sont considérées comme telles dans chorodep :

Pour les Hautes Pyrénées :
Allosorus acrosticus (Balb.) Christenh.
Asplenium x centovallense D.E.Mey. [Asplenium adiantum-nigrum L. x Asplenium cuneifolium Viv.]
Cypripedium calceolus L.
Hymenophyllum tunbrigense (L.) Sm.
Marsilea quadrifolia L.
Salvinia natans (L.) All.

Pour le Gers :
Marsilea quadrifolia L.
Turgenia latifolia (L.) Hoffm.

Pour les Landes :
Aldrovanda vesiculosa L.
Anogramma leptophylla (L.) Link
Asplenium obovatum subsp. billotii (F.W.Schultz) O.Bolòs, Vigo, Massales & Nino
Asplenium obovatum Viv.
Avellinia festucoides (Link) Valdés & H.Scholz
Carex brizoides L.
Centaurium scilloides (L.f.) Samp.
Dactylorhiza majalis (Rchb.) P.F.Hunt & Summerh.
Dactylorhiza majalis (Rchb.) P.F.Hunt & Summerh. subsp. majalis
Elatine brochonii Clavaud
Epipactis muelleri Godfery
Hammarbya paludosa (L.) Kuntze
Herniaria hirsuta L.
Lathyrus ochrus (L.) DC.
Neottia nidus-avis (L.) Rich.
Nigella arvensis L.
Nigella arvensis L. subsp. arvensis
Omphalodes littoralis Lehm.
Omphalodes littoralis Lehm. subsp. littoralis
Ophioglossum lusitanicum L.
Orchis simia Lam.
Pimpinella saxifraga subsp. nigra (Mill.) Thell.
Pinguicula grandiflora Lam.
Pinguicula grandiflora Lam. subsp. grandiflora
Salvinia natans (L.) All.
Seseli tortuosum L.
Spartina patens (Aiton) Muhl.
Telephium imperati L.
Telephium imperati L. subsp. imperati
Trifolium retusum L.

Pour les Pyrénées-Atlantiques :
Bupleurum tenuissimum L.
Bupleurum tenuissimum L. subsp. tenuissimum
Eriophorum gracile Koch ex Roth
Limodorum abortivum (L.) Sw.
Lythrum thesioides M.Bieb.
Mantisalca salmantica (L.) Briq. & Cavill.
Marsilea quadrifolia L.
Ophioglossum azoricum C.Presl
Orchis simia Lam.
Pilularia globulifera L.
Trifolium rubens L.

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